自从净化技术应用于医疗领域以来，医用净化工程便开始起步。90年代，我国掀起了建设净化手术室的高潮。进入21世纪以来净化手术室得到更进一步的发展，部分医院更是在建设之初便参照了净化标准，建设了净化手术室。然而随着净化手术室工程的不断发展，也出现了一些较为严重的问题。
一行业内发展不均衡：
净化手术室项目是一个科技含量高、学科综合性强的净化工程，因此行业发展十分不均衡。大量的净化手术室公司技术实力薄弱，工程质量保障性差，致使医院投入大量资金，效果却不尽如人意。而技术实力雄厚、服务质量好的净化手术室公司却可以傲视群雄，占得先机。所以，这一行业发展呈现典型“金字塔”形状。
二院方缺少关于净化手术室的专业知识：
净化手术室工程并不是单纯的安装几台净化设备即可，要达到净化目标，需要合理设置室内空间布局、气流流动方向、换风新风次数等。很多医院不懂净化，导致和净化手术室公司沟通不畅，尤其是在采购设备环节，由于无法做到货比三家，很难达到最佳的性价比，使得净化手术室的造价偏高，从而导致后期医疗成本的攀高。
三净化手术室后期的维修费用过高：
净化手术室工程后期维修费用过高的问题也比较明显。由于医院没有专业的技术人员，无论是简单维修、设备更新还是故障处理，都只能依赖净化手术室公司。于是这个环节给医院增加财力负担，导致净化手术室不仅维护费用过高，而且维护速度缓慢，降低了院方手术室的投资效益。
